Guía práctica para reducir riesgos documentales, laborales y de protección de datos en la empresa.
El problema
Casi todas las empresas tienen una carpeta física o digital por cada trabajador. El problema es que muchas fueron construidas por costumbre y no a partir de una política documental jurídicamente definida.
Eso genera dos riesgos opuestos: guardar información que no corresponde o no conservar los soportes que la empresa necesitará para demostrar que cumplió sus obligaciones.
Un expediente laboral bien administrado no es simplemente un archivo. Es parte de la evidencia con la que la empresa puede acreditar afiliaciones, novedades, actuaciones disciplinarias, pagos, capacitaciones y decisiones adoptadas durante la relación laboral.
La pregunta correcta no es “¿qué puedo guardar?”, sino “¿qué necesito conservar, durante cuánto tiempo y quién debería poder acceder?”
¿Qué debería contener el expediente laboral?
No existe una única norma que reúna en una sola lista todos los documentos de un expediente laboral. Su contenido se construye a partir de distintas obligaciones legales y de las necesidades probatorias de la relación de trabajo.
1. Al ingreso del trabajador
Como mínimo, conviene verificar la existencia y correcta conservación de:
- Contrato de trabajo escrito, cuando la ley lo exige.
- Soportes de afiliación al sistema de seguridad social y a los fondos correspondientes.
- Concepto médico ocupacional derivado de la evaluación médica de preingreso, con las recomendaciones, restricciones, temporalidad y necesidad de seguimiento que correspondan.
La Resolución 1843 de 2025 dispone expresamente que el concepto médico ocupacional hace parte del expediente laboral del trabajador que reposa en la empresa.
Un punto es especialmente importante: el concepto médico ocupacional no es lo mismo que la historia clínica ocupacional. La empresa necesita conocer las recomendaciones o restricciones que inciden en la prestación del servicio, pero ello no significa que deba recibir el detalle clínico completo del trabajador.
2. Durante la ejecución del contrato
El expediente debería permitir reconstruir los principales cambios y novedades de la relación laboral. Entre otros documentos:
- Otrosíes y soportes de modificaciones de cargo, salario o funciones.
- Novedades de nómina, incapacidades, licencias, vacaciones y permisos.
- Evidencias de inducciones y capacitaciones en seguridad y salud en el trabajo.
- Comunicaciones relacionadas con llamados de atención o procesos disciplinarios, cuando existan.
- Evaluaciones de desempeño, si la empresa las utiliza.
- Soportes de decisiones que afecten las condiciones del vínculo y que deban quedar documentadas.
- Conceptos médicos ocupacionales posteriores, cuando correspondan por evaluaciones periódicas, cambio de ocupación, post-incapacidad, retorno laboral, seguimiento o egreso.
3. Al terminar el contrato
La carpeta debería conservar, según corresponda:
- Comunicación de terminación y soporte de la causal invocada.
- Liquidación definitiva de prestaciones sociales.
- Certificación laboral.
- Constancia de información al trabajador sobre la evaluación médica ocupacional de egreso.
- Concepto médico ocupacional de egreso, cuando sea emitido y remitido conforme a la normativa aplicable.
- Documentos que permitan acreditar el cierre de obligaciones pendientes.
Historia clínica ocupacional: qué puede recibir la empresa y qué debe permanecer reservado
Este es uno de los puntos que mayor cuidado exige en la gestión documental laboral.
La regulación vigente es la Resolución 1843 de 2025 del Ministerio del Trabajo, que regula las evaluaciones médicas ocupacionales y el manejo de las historias clínicas ocupacionales. Esta resolución derogó expresamente la Resolución 2346 de 2007.
La regla actual distingue con claridad dos documentos:
El concepto médico ocupacional
Es el documento que el médico evaluador remite al empleador. Debe contener, entre otros aspectos, las recomendaciones o restricciones para el ejercicio de la labor y, cuando corresponda, su temporalidad y la necesidad de seguimiento.
La Resolución 1843 de 2025 establece además que, como regla general, no debe utilizarse la expresión “no apto” en el concepto médico ocupacional, salvo los eventos específicos previstos por la propia norma.
El empleador debe gestionar las recomendaciones y restricciones contenidas en el concepto. La misma resolución señala que las condiciones de trabajo y del ambiente laboral deben adaptarse, cuando corresponda, dentro de un término no superior a veinte días hábiles posteriores a la evaluación médica ocupacional.
La historia clínica ocupacional
Es un documento distinto y está sometido a reserva.
Su custodia corresponde, en principio, al prestador de servicios de medicina de Seguridad y Salud en el Trabajo que realizó la atención. El artículo 30 de la Resolución 1843 de 2025 dispone que los empleadores no pueden tener, conservar o anexar copia de la historia clínica ocupacional a la hoja de vida del trabajador, salvo que exista autorización expresa del trabajador y, adicionalmente, la empresa tenga vinculado un médico especialista en Seguridad y Salud en el Trabajo o cuente con un servicio de medicina laboral habilitado.
Por tanto, no es jurídicamente preciso afirmar que el empleador nunca puede tener una historia clínica ocupacional. Lo correcto es señalar que la regla general es que no debe reposar en el expediente laboral ordinario, y que la norma contempla una excepción sometida a condiciones específicas.
El artículo 31 de la misma resolución reafirma que la historia clínica ocupacional, así como los exámenes y valoraciones clínicas o paraclínicas que contiene, son estrictamente confidenciales.
La Ley 1581 de 2012 refuerza esta protección al considerar los datos de salud como datos sensibles. La existencia de una relación laboral no autoriza a almacenar indiscriminadamente diagnósticos, resultados médicos o información clínica.
Señal de alerta: si el expediente ordinario de Talento Humano contiene historias clínicas completas, exámenes, resultados paraclínicos o diagnósticos que exceden el concepto médico ocupacional, conviene revisar de inmediato por qué están allí, quién autorizó su tratamiento, quién puede acceder a ellos y si se cumplen las condiciones legales para conservarlos.
El expediente también debe reflejar el nuevo procedimiento disciplinario
El artículo 7 de la Ley 2466 de 2025 modificó el artículo 115 del Código Sustantivo del Trabajo y detalló garantías mínimas del procedimiento disciplinario, entre ellas la comunicación formal de apertura, la formulación clara de los hechos, el traslado de las pruebas y un término de defensa no inferior a cinco días.
Estas actuaciones deberían dejar trazabilidad documental. No basta con “haber hablado con el trabajador” si después no existe evidencia que permita reconstruir qué se informó, qué pruebas se trasladaron, cómo se ejerció la defensa y cuál fue la decisión.
La reforma otorgó un periodo de 12 meses contado desde el 25 de junio de 2025 para actualizar el Reglamento Interno de Trabajo. Ese plazo venció el 25 de junio de 2026.
También debe diferenciarse el procedimiento disciplinario de la terminación con justa causa. La jurisprudencia laboral ha señalado que el despido con justa causa no constituye, por sí mismo, una sanción disciplinaria, salvo que el reglamento interno, una convención colectiva u otra fuente aplicable le otorgue ese tratamiento. Sin perjuicio de ello, documentar la oportunidad del trabajador para dar su versión continúa siendo una práctica jurídicamente prudente.
¿Cuánto tiempo deben conservarse los documentos?
No existe un único plazo aplicable a todo el expediente. El término depende de la naturaleza del documento, la obligación que acredita y el riesgo frente al cual sirve como prueba.
- Acciones laborales: el artículo 488 del Código Sustantivo del Trabajo establece, como regla general, una prescripción de tres años. Ese periodo puede servir como referencia mínima para múltiples soportes de la relación laboral, sin perjuicio de plazos especiales.
- Aportes a seguridad social: para determinados procesos de fiscalización de la UGPP resulta relevante un horizonte de cinco años, por lo que los soportes de afiliación y pago deben conservarse con una política acorde con ese riesgo.
- SG-SST: la regulación exige conservar distintas evidencias conforme a la naturaleza de cada registro.
- Historia clínica ocupacional y registros sujetos a la Resolución 1843 de 2025: el artículo 30 contempla una conservación mínima de veinte años en el marco del Sistema de Gestión de Seguridad y Salud en el Trabajo. Esto no significa que la historia clínica deba incorporarse al expediente ordinario de Talento Humano: su custodia continúa sometida a las reglas especiales de reserva previstas en la misma resolución.
La mejor práctica es contar con una tabla o política interna de retención documental laboral, diferenciada por tipo de documento y con reglas claras de acceso, conservación, transferencia y eliminación.
Qué debería revisar Talento Humano esta semana
- Si el Reglamento Interno de Trabajo ya incorpora el procedimiento disciplinario vigente.
- Si el expediente contiene el concepto médico ocupacional y no se está confundiendo con la historia clínica ocupacional.
- Si existen historias clínicas completas, diagnósticos, resultados paraclínicos o exámenes médicos dentro de la hoja de vida ordinaria del trabajador y, de ser así, cuál es el fundamento jurídico para conservarlos.
- Si se están cumpliendo las recomendaciones o restricciones médico-laborales dentro de los términos aplicables.
- Si existen soportes suficientes de afiliaciones, novedades, capacitaciones y actuaciones disciplinarias.
- Si cada terminación contractual conserva los documentos que explican y respaldan la decisión.
- Si la empresa tiene criterios definidos sobre conservación, eliminación y acceso a documentos laborales.
- Si el expediente digital permite identificar quién incorporó cada soporte y cuándo lo hizo.
En conclusión
Un buen expediente laboral debe cumplir dos funciones al mismo tiempo: proteger la información del trabajador y proteger jurídicamente a la empresa.
Guardar todo no es una política documental. Tampoco lo es conservar únicamente lo que parece importante en el momento. La gestión correcta exige identificar qué documento acredita cada obligación, quién puede acceder a él, durante cuánto tiempo debe permanecer disponible y qué información se encuentra sometida a reserva especial.
La Resolución 1843 de 2025 hace especialmente importante distinguir entre el concepto médico ocupacional, que sí integra el expediente laboral, y la historia clínica ocupacional, cuya custodia y acceso están sometidos a reglas reforzadas de confidencialidad.
Una auditoría sencilla puede empezar con diez expedientes elegidos al azar. Si en esa muestra aparecen vacíos o excesos, probablemente el problema no está en una carpeta: está en el proceso.
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Referencias normativas
- Código Sustantivo del Trabajo, artículos 39, 57, 115 y 488.
- Ley 2466 de 2025, artículo 7. Consultar texto oficial
- Resolución 1843 de 2025, Ministerio del Trabajo, especialmente artículos 5, 8, 9, 19, 30, 31, 35 y 36. Consultar texto oficial
- Ley 1581 de 2012, artículos 5 y 6.
- Ley 1607 de 2012.
- Resolución 0312 de 2019, Ministerio del Trabajo.
Jurisprudencia
- Corte Constitucional, Sentencia C-593 de 2014, M.P. Jorge Ignacio Pretelt Chaljub, 20 de agosto de 2014. Consultar
- Corte Suprema de Justicia, Sala de Casación Laboral, sentencia del 24 de septiembre de 2024, M.P. Marirraquel Rodelo Navarro, sobre despido con justa causa y procedimiento disciplinario previo.
Fuentes digitales consultadas
- Ministerio de Relaciones Exteriores – Compilación Jurídica, Resolución 1843 de 2025 del Ministerio del Trabajo. Consultar
- ANDI-CESLA, El ABC de la reforma laboral. Ley 2466 de 2025. Consultar
- Ámbito Jurídico, Confirman despido por justa causa de trabajador. Consultar
- IMSalud, ABC Ley 1581 de 2012. Consultar
- SafetYA, Resolución 0312 de 2019. Consultar
- Ámbito Jurídico, UGPP tiene cinco años para iniciar procesos de fiscalización. Consultar
Nota editorial sobre el uso de inteligencia artificial
Este contenido fue elaborado con apoyo de herramientas de inteligencia artificial y sometido a revisión, validación y supervisión jurídica por un abogado experto. Las normas, sentencias y demás fuentes jurídicas citadas fueron verificadas antes de su publicación. La inteligencia artificial no se utilizó como fuente jurídica.